幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口，在杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）的带领下进行探索，强制进入舱门后，发现里面竟然有人，且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德（亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰），如同看到救星一般，戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了，而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中，幸存者们找到充足食物，也由一卷录影带了解到这座孤岛的背景，似乎和某个失败的实验有关。另一方面，扎起竹筏试图离开岛屿的迈克尔（哈罗·佩里纽 Harold Perrineau 饰）等人并没有成功驶向深海，而是被潮水带到岛的另一边，发现还有一群机尾的幸存者，他们挟持着迈克尔等人慢慢向营地靠近……
在经历了上一次的恐怖袭击之后，由于政府对CTU应对恐怖事件的解决方式不太满意，还是最终决定解散CTU。杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）也因使用酷刑等非法手段来防止恐怖袭击，而受到审查。原本以为自己终将在监狱里度过余生，却因死而复生的前同事托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）的出现，彻底打乱了杰克现有的生活。托尼希望杰克能与他一起，共同调查又一次在美国大路上展开的恐怖袭击。而随着调查的不断深入，杰克觉得身边的托尼越来越琢磨不透。杰克一直觉得托尼有什么事情没有对他说明白。由于新总统对杰克的信任，所以他们的调查之路虽然危机重重，但是开展得还算顺利。不过，最后杰克终于发现这次恐怖袭击的幕后策划者，原来是一直与他并肩作战的朋友托尼…